事実関係について、検察と被告の主張が食い違う場合には、どうすべきでしょうか。

事件の「事実」に関しては本人以外に知りえない部分であり、客観的に証明していくのは難しいところがあります。

しかし、もし事件当日、被告が犯行現場におらず、別なアリバイがあるという場合には、一転して犯罪の疑いが晴れます。そのようなアリバイを証明するためには（あるいはもっと細かい事実の調査を進めて行く場合にも）、やはり、有能な弁護士の助けが必要でしょう。

警察や検察官も事件の事実がどうであったか証拠を集めて捜査をしていくわけですが、それが必ずしも被疑者にとって有利なものとは限りません。もちろん、証拠がねつ造されることなどはマレですが、万が一にもそのような不正を起こさず、公平な判決を勝ち取るためには、被疑者側でも自分に有利な事実の調査を、プロに依頼しなければなりません。無論、被疑者本人は勾留中は外部との連絡を絶たれるので、周りの知人や家族に依頼してもらわなければならない、ということですが。